Fort Honswijk is gelegen pal aan de Lek, te midden van uitgestrekte uiterwaarden. In de laatste vijftig jaar is er weinig aan groenbeheer gedaan op Fort Honswijk, zodat de natuur haar gang heeft kunnen gaan en er hoge natuurwaarden zijn ontstaan.
Beplanting in dienst van de verdediging
Zoals alle grote forten in de Nieuwe Hollandse waterlinie is ook Fort Honswijk van oorsprong vrij kaal geweest. Vanaf 1880 werd het fort volgens een ingenieus systeem met bomen struiken beplant. Rondom het fort, langs de contrescarp en op de binnenbermen werd hoge beplanting aangebracht die het fort aan het gezicht moest onttrekken. Ook langs de buitenoever van de fortgracht werden hoog opgaande bomen geplant als ‘boommasker’.
Knotwilgen werden in het talud naar de gracht geplant, ter maskering, terwijl meidoornhagen (‘prikkelbosjes’) hier als extra barrière werden geplant. De diverse met grond gedekte bomvrije gebouwen liet men begroeien met struiken. Hakhoutbosjes op de buitenzijde van de borstwering en op meerdere plekken op het terrein, vulden de gaten in de camouflage én leverden geriefhout.
Flora
Van de originele militaire beplantingen zijn belangrijke delen nog aanwezig, zoals de boommaskers, delen van meidoornhagen, hakhoutbosjes en bijv. ook de ‘lindelaan’ naar een van de remises.
Voorkomende boomsoorten zijn plataan, walnoot, haagbeuk, es, esdoorn, Canada populier, witte abeel, tamme kastanje, ruwe berk, zwarte els, zoete kers, gladde iep, rode beuk en zomerlinde. Hier en daar zijn exoten aangeplant, zoals een rijtje oosterse platanen, een amberboom, een rode paardenkastanje en een winterlinde. Veel voorkomende struiken zijn de gewone vlier, hondsroos,, hazelaar en hulst, rode kornoelje en de sleedoorn. De begroeiing op het dak van de geschutstoren wordt bepaald door de dauwbraam, eenstijlige meidoorn en glanshaver.
Een bijzonder groen element op het terrein is de herdenkingslinde die in 1915 werd geplant ter gelegenheid van één jaar mobilisatie. De boom kreeg een fraai gesmeed en kleurig geschilderd sierhek. Nadat het origineel door de Duitsers was verwijderd, werd na de oorlog een reconstructie van het hek teruggeplaatst, op een iets andere plek en met een nieuwe lindeboom. De Stichting Honswijk-Everdingen spant zich in om het sierhek weer gerestaureerd te krijgen.
Fauna
Op het fortterrein zijn vele broedvogels vastgesteld. Soorten waarvan de verblijfplaats het jaarrond beschermd zijn, zijn de kerkuil en grote bonte specht. Kerkuilen broeden al vele jaren op Honswijk. In enkele grote nestkasten, die verspreid over het terrein zijn opgehangen voor uilen, hebben deze nog niet gebroed. Wel is in één ervan de holenduif waargenomen. Buizerd en groene specht worden wel gezien, maar broeden op het Lunet aan de Snel. Van de kleine zoogdieren is de dwergmuis een leuke waarneming. Dit is het kleinste knaagdier van Europa, dat niet algemeen voorkomt, al is het nog geen bedreigde soort. Bijzondere amfibieën (rugstreeppad) zijn niet waargenomen.
Vleermuizen
Fort Honswijk, en dan met name de grote geschutstoren, is van bijzonder belang voor vleermuizen. In 2006(*) werden de volgende soorten aangetroffen: baardvleermuis, watervleermuis, gewone dwergvleermuis, franjestaart, grootoorvleermuis en meervleermuis. (*Recente telling 2013 is onderweg.) De toren, en de luchtplaats, wordt door meerdere soorten gebruikt als overwinteringsplek en als zwerm- en paarlocatie. Voor sommige soorten is het één van de belangrijkste gebouwen in Midden-Nederland, omdat de toren een spilfunctie heeft in een netwerk aan verblijfplaatsen. Op nationaal niveau is het fort van bijzonder belang als zwermlocatie voor watervleermuizen en als overwinteringsplek voor de meer dan 150 baardvleermuizen.
Fort Honswijk zal in de nabije toekomst een nieuwe bestemming krijgen. Bij nieuwe ingrepen op het fort zal zonder meer rekening moeten worden gehouden met deze belangrijke functies.