Het landschap waarin Fort Everdingen is gelegen, wordt gekenmerkt door de grote rivier, met aan weerszijden uitgestrekte uiterwaarden. In dit open, bijna boomloze gebied (De Everdinger – en Goilberdinger Waard) valt het fort vooral op door de hoge en veel dichtere begroeiing.
In 1951 werd de Waterlinie buiten gebruik gesteld. Fort Everdingen is nog wel, zij het beperkt, in gebruik gebleven. Omdat het fort niet meer zo intensief werd gebruikt en beheerd, kon het oorspronkelijk vrij kale fort een ‘groen’ object worden met hoge natuurwaarden.
In de periode 2000-2007 zijn de aangrenzende uiterwaarden heringericht in het kader van ‘Ruimte voor de Rivier’ met natuurontwikkeling. De oude weidegronden maakten plaats voor een nieuw natuurgebied met veel water. Lees meer over de geplande natuurontwikkeling rond Fort Everdingen in: Beheerplan Everdingerwaard 2010-2020 (december 2009).  Voor een mooie natuurfilm over de omgeving van het Fort klik hier

Flora

De Everdinger Waarden worden gekenmerkt door rietkragen, strangen, slijkplaten, rivieroevers, meidoornhagen en moerasbos. Een veelzijdig natuurgebied.
De nabij gelegen Baarsemwaard, die in ontwikkeling al wat verder is, geeft een indicatie van de te verwachten vegetaties. Hier komt onder andere oeverzegge voor en het watervorkje, een levermosje dat zeer gevoelig is voor watervervuiling.
Op het fort komen (redelijk) zeldzame planten voor: van korstmos tot veldsla. Een bijzonder verschijning op Fort Everdingen is de zwartsteel, een vrij zeldzame muurvaren.

De historische beplanting van het Fort

De forten in de Waterlinie waren in het begin vrij kaal, met weinig beplanting op de aarden wallen. Rond 1880 was het strategisch belang van de beplanting flink toegenomen. De ‘Memorie van Verdediging’ (1880) van Fort Everdingen geeft de volgende opsomming: “In de binnenruimte van het fort staan 121 iepen. Op de taluds van de gronddekkingen van twee gebouwen, op die van enkele traversen en op het plongée van de infanterie borstweringen staan hagen van Virginische kers, 220 m lang. Op het buitentalud van de borstwering staat een strook wilgenhakhout, 535 m lang. Op de berm een doornen haag, lang 1210 m; een rij hakhout, lang 845 m, 24 knotwilgen en 180 schietwilgen. Buiten de gracht van het fort staan 183 schietwilgen, 108 populieren, 84 iepenbomen, 681 m wilgenhakhout en 1200 m2 wilgenhakhout (bij het rietgat aan de Zuidwest zijde). In de tuin van de fortwachter staan enkele vruchtbomen en struiken.”
In het vlakke polderlandschap was het moeilijk een verdedigingswerk aan het zicht van de vijand te onttrekken. Forten werden daarom ‘gemaskeerd’ met planmatig aangelegde natuur, waaronder ‘boommaskers’. Bij de forten in de Waterlinie werden vooral inheemse soorten gebruikt (essen, eiken en populieren), zowel op het fort als achter de stelling. Wilgen werden aangeplant voor het natuurlijke effect. Het geheel van de beplantingen zorgde ervoor dat het fort wegviel tegen de horizon.
‘Prikkelbosjes’ of meidoornhagen onder aan de fortwal waren de voorlopers van de latere prikkeldraadversperringen. Om ook vanuit de lucht minder zichtbaar te zijn, werd de spiegelende fortgracht beplant met waterlelies en gele plomp. Wilgenhakhout werd aangelegd als ‘geriefhout’ voor veel gebruiksdoeleinden.
Veel van de oorspronkelijke beplanting (uit 1880) bij Fort Everdingen is nog aanwezig.

Fauna

De uiterwaarden zijn rijk aan vogels. In de waarden zijn vele soorten sprinkhanen, libellen en vlinders (waaronder het Icarusblauwtje) waargenomen. Voor amfibieën zijn speciaal enkele natuurpoelen gegraven, waardoor heikikker, salamander en ook de rugstreeppad hier voorkomen. Op en om het fortterrein wordt regelmatig de vos gesignaleerd.

Vogels

Het gebied direct om het fort kent een rijkdom aan vogelsoorten. Na de herinrichting van de uiterwaarden met meer ruimte voor water, is de variatie alleen maar toegenomen. Voorbeelden zijn visdief, brandgans, bergeend, kuifeend, kluut en diverse kleine steltlopers als kleine plevier, bontbekplevier, oeverloper, witgatje en bonte strandloper. In de rietkragen broeden in het voorjaar de kleine karekiet, rietzanger, blauwborst en andere kleine zangvogels. Weidevogels als grutto en tureluur foerageren langs de oevers. Ganzen, eenden en zwanen komen in grote aantallen en soorten voor. Zilverreigers (groot en klein) en lepelaars worden met regelmaat waargenomen. Roofvogels zoals buizerd, sperwer en bruine kiekendief jagen hier. Van de boomvalk en de steenuil zijn broedgevallen bekend.
Bij de fortgracht wordt regelmatig het ijsvogeltje gezien. Op het fortterrein heeft enkele jaren de bosuil gebroed. Kauwen en kraaien hebben zich genesteld in de geschutspoorten van het oude torenfort.
NB: In het voorjaar is een deel van de uiterwaard afgesloten vanwege het broedseizoen.

Vleermuizen

De fortgebouwen, met name de centrale geschutstoren en de grondgedekte gebouwen, vormen een ideale overwinteringplaats voor vleermuizen, vanwege de constante lage temperatuur en de hoge luchtvochtigheid. Ventilatie en in-/uitvliegopeningen zijn er genoeg. Bovenal is het rustig op het fort.

2 grootoren

Bij de meest recente telling (januari 2014) zijn 89 exemplaren waargenomen. Het overgrote deel bestond uit de watervleermuis en de baardvleermuis. De grootoorvleermuis is in een kleiner aantal aangetroffen. De franjestaartvleermuis, die wel op Honswijk voorkomt, werd op Fort Everdingen niet gezien. De gewone dwergvleermuis, de in Nederland meest voorkomende soort, is dit jaar niet op het fort waargenomen.
De diverse vleermuispopulaties genieten een beschermde status. Dit gegeven zal zeker van invloed zijn op de planvorming van de toekomstige publieke functie(s) van het fort.

Vissen

Een fortgracht is doorgaans, door zijn geïsoleerde ligging, rijk aan vis. De gracht om Fort Everdingen is dan ook een aantrekkelijke plek voor sportvissers. In opdracht van de Nieuwegeinse visvereniging OVB (Ons Vis Belang) is in 2008 een visstandbemonstering uitgevoerd in de fortgracht. Bij dit onderzoek werden totaal 10 soorten aangetroffen, wat de visstand niet erg divers maakt. Het meest gevangen zijn blankvoorn, brasem, bittervoorn en ruisvoorn. In het noordelijke deel van de gracht werden ook snoek, karper en zeelt aangetroffen, alsook een enkele paling en pos. Opvallend was het ontbreken van grotere en oudere exemplaren. De inventarisatie noemt als knelpunten voor een gezonde en evenwichtige visstand onder meer het lage waterpeil (ca. 50cm lager dan normaal), het ontbreken van stroming, de aanwezigheid van een dikke, onverteerde baggerlaag (het gevolg van veel invallend blad) en veel kroosvorming. De twee laatste punten zijn de veroorzakers van een slechte zuurstofhuishouding. Het zo goed als ontbreken van oudere exemplaren wordt ook geweten aan de regelmatige aanwezigheid van aalscholvers.